En 1644, à la demande des armateurs marseillais, on érigea une tour de vigie destinée à être repérée des navires de commerce depuis 20 Km de la baie de Marseille.

C’est à la pointe occidentale du rempart du Fort St Jean et sur l’emplacement de la maison du guet en ruine que l’on édifia la « Tour ronde », appelée « Tour du Fanal ». Les travaux sont adjugés à trois maçons : Bœuf, Gay et Alluys.

C’est le 15 juillet 1837 qu’un feu fixe blanc fut allumé sur une tourelle cylindrique en maçonnerie de 5,75 m de hauteur, située au pied de la « tour ronde ». Le feu a été modifié le 5 juin 1912 puis remplacé par un feu scintillant rouge sur un pylône rouge de 7 m de hauteur.

Divers travaux sont effectués de 1980 à 2000 dont la restauration de la Tour du Fanal. Dans le cadre de la création du Mucem, cette tour de plus de 30 mètres ne se visite malheureusement pas pour le moment. Quant à son nom, Fanal vieut du grec ancien φανός, phanós qui signifie « lanterne ».