Le 13 novembre 1919 à l’issue d’une répétition de L’Africaine de Giacomo Meyerbeer, le feu ravage la quasi-totalité de l’édifice. Il reste aujourd’hui de l’ancienne salle de spectacle la colonnade et le péristyle qui datent de 1787 et une grande frise d’Antoine Bourdelle qui encadre la scène. Il faut attendre le 16 novembre 1920 pour que la Municipalité adopte un programme de reconstruction. Les travaux commencés sont achevés en trois ans et demi, sous la direction de l’architecte départemental Gaston Castel. L’inauguration de la nouvelle salle de spectacle eut lieu le 3 décembre 1924 par le docteur Siméon Flaissières, sénateur-maire de l’époque, avec Sigurd d’Ernest Reyer. Marseille fut ainsi la seconde ville de France, après Bordeaux, à avoir son opéra. Il faut attendre le 31 juillet 1945 pour que l’Opéra de Marseille passe en régie municipale (la ville assurant dès lors son exploitation en accord avec le conseil municipal).
Dans l’esprit d’Adolphe Adam qui avait formulé le rêve d’un opéra pour le peuple, le directeur, Jean Marny, maintient les soirées populaires. Michel Leduc, son successeur à partir de 1949, développe le caractère éducatif du théâtre lyrique.
L’opéra municipal fait l’objet d’un classement au titre des monuments historiques depuis le 13 février 1997. Marseille est la première ville de province a avoir obtenu le droit de posséder « un théâtre privilégié », du vivant même de Lulli, en 1685. Le privilège s’étendait aux autres villes de Provence et comprenait pour la troupe la possibilité de rayonner jusqu’au Roussillon, au Var et à la région lyonnaise. Depuis plus de trois siècles, la place exceptionnelle que tient l’opéra dans la ville repose en partie sur la position géographique de Marseille qui a très vite été marquée par les influences italiennes, jusqu’à entendre parfois certains ouvrages avant Paris « LA NORMA » de BELLINI, « LE TROUVÈRE » de VERDI… Loin d’être réservé à une élite, l’opéra est très tôt devenu un élément fondamental de la culture populaire des Marseillais. Passionnés de bel canto, ils restent pour les chanteurs une référence nationale et internationale en matière de voix.
Tel qu’il est aujourd’hui, l’Opéra de Marseille se présente comme un «Opéra de tradition» (répertoires italien et français du XIXè siècle) servi, depuis la longue et brillante direction de Jacques KARPO (1975-1991), par des artistes de haute réputation internationale devenus les habitués de la salle marseillaise, tels, pour ces dernières années : Leonie RYSANEK, Gwyneth JONES, G. BUMBRY, Leo NUCCI, José VAN DAM, Ingvar WIXELL, Kathleen CASSELLO, Jean-Philippe LAFONT… Des aspects plus novateurs ne sont pas négligés pour autant. L’Opéra de Marseille a été le premier en France à donner la version scénique intégrale des « TROYENS À CARTHAGE » en deux saisons (1979-1980), la création en France de « RUSALKA » de DVORAK (1982) et de « LA VIEILLE FILLE ET LE VOLEUR » de MENOTTI (1985), la création scénique de « CHRISTOPHE COLOMB » de Darius MILHAUD (1985), « DON JUAN DE MANARA » d’Henri TOMASI (1988), etc…
Par ailleurs, ses réalisations sont appréciées au plus haut niveau national, ainsi le prix remporté pour la saison 1992-1993 par la nouvelle production de « DIE FRAU OHNE SCHATTEN » de Richard STRAUSS, mise en scène par Charles ROUBAUD.
C’est en 1965, à la dissolution de l’Orchestre Régional de l’ORTF, que la Ville de Marseille décide de créer l’Orchestre de l’Opéra de Marseille.
En 1981, Janos Furst, nouveau directeur de la musique, souhaite créer « L’Orchestre Philharmonique de Marseille » et c’est grâce au soutien exclusif de la municipalité que l’effectif est ainsi porté à 88 musiciens. Depuis, l’Orchestre Philharmonique de Marseille s’attache à diffuser non seulement les grandes œuvres du répertoire classique et romantique mais aussi à rendre hommage à des compositeurs du XXème siècle, tels Messiaen, Tomasi, Lesur, Chaynes, Dutilleux, Florentz, Charpentier, Barber, Bernstein, Gershwin, León… et à créer des commandes de la Ville de Marseille comme la création mondiale de l’opéra « Colomba » de J.C Petit au mois de mars 2014. Depuis la saison 12-13, Lawrence Foster est Directeur musical de l’Orchestre Philharmonique de Marseille, donnant un nouvel élan à la phalange orchestrale et lui permettant, entre autres, d’être invité en Chine ainsi qu’au Festival de Bad-Kissingen.
À partir de novembre 2014, la Ville de Marseille associe une deuxième salle de spectacle à l’Opéra de Marseille : le Théâtre de l’Odéon, autre salle historique de la ville, d’une capacité de 800 places. Elle est dédiée à l’Opérette, aux spectacles de divertissement et aux spectacles « Jeune public »
