Avant le tournage, la réalisatrice Claire Denis décrit son projet comme « une sorte de mélo marseillais, avec des personnages qui sont des stéréotypes, plutôt dans la tradition des santons de Provence ». Elle dit s’inspirer modérément de Marcel Pagnol et de ce qu’elle nomme le « folklore de bazar marseillais » car elle considère que Marseille est une ville tellement variée que la présence de ce folklore, parmi toutes les différentes composantes de la société de cette ville, peut tout à fait être acceptée. Ce film naît de l’envie qu’a Claire Denis de retravailler avec Grégoire Colin et Alice Houri, les acteurs de son œuvre précédente, le téléfilm US Go Home. Alors qu’elle avait un autre projet, l’adaptation d’un livre, elle décide de faire ce film car elle a « l’impression de les avoir à peine découverts » et est fascinée par l’alchimie qui s’était mise en place entre eux. 
Elle leur fait à nouveau jouer un couple frère-sœur ; ce thème lui tient à cœur, notamment parce qu’elle a un frère plus jeune et qu’elle voit ces relations comme un amour franc où « on ne se doit rien » et où n’existe pas l’angoisse de la séparation comme dans la relation amoureuse. Le tournage s’effectue à Marseille de décembre 1995 à janvier 1996.
La réalisatrice déclare pendant le tournage ressentir ce film comme « contraint, beaucoup moins libre que ceux [qu’elle] a déjà tournés » d’une part à cause de la manière dont le réel et le rêve se mélangent dans l’histoire, d’autre part à cause de la symbolique du fœtus et du liquide amniotique.
Comme il s’agit pour elle d’un film « de solitude », elle choisit de filmer les acteurs en longue focale et en plans très serrés. Cela impose une plus grande précision dans le cadrage que dans ses films précédents où elle avait l’habitude, avec la chef opératrice Agnès Godard, de filmer en plans plus larges qui laissaient plus de place aux acteurs. La précision nécessaire à cette manière de filmer fait que les répétitions sont plus nombreuses que dans ses films précédents et le tournage est « moins ouvert à l’accident, à l’imprévu. ».
Si les décors et actions peuvent sembler réalistes, la réalisatrice cherche avant tout à obtenir un résultat qui semble vrai à l’image mais qui n’est pas nécessairement réel : la pouponnière où se trouve les bébés n’existe plus à l’époque du film car une telle disposition est interdite par les normes sanitaires, la maison de Boni n’a pas de continuité dans la lumière, l’éclairage d’une scène peut venir d’une source qui se trouve dans le cadre ou non et s’adapte à l’ambiance voulue par la cinéaste pour la séquence.
Sypnosis
Boni a rompu tout lien avec son père Felix qui a refait sa vie à Aix-en-Provence, ainsi qu’avec sa sœur Nénette (Antoinette) qui a quinze ans et vit dans un pensionnat. Nénette fuit le pensionnat et rejoint son frère, qui, après lui avoir refusé l’asile, décide de lui ouvrir sa porte lorsqu’il apprend qu’elle est enceinte et seule. Leur père, aux prises avec une bande de malfrats, essaie de convaincre Nénette de revenir chez lui. Il reçoit insultes et coups de feu de la part de Boni. L’examen prescrit par un gynécologue indique un état avancé de la grossesse. Nénette tente d’avorter seule, mais Boni intervient et la convainc d’accoucher sous X. Alors que leur père est abattu, Boni, armé d’un fusil, décide de voler le bébé afin de lui donner une vraie famille.
