Ces moines Récollets s’établirent d’abord en 1619 dans le prieuré de Notre-Dame du Rouet, puis s’installèrent vers 1633 sur un terrain nommé le Coulet de Saint-Jérôme situé à cette époque à l’extérieur des remparts médiévaux et compris entre les rues d’Aix, des Dominicaines, des petites Maries, Bernard Dubois et de La Fare où ils construisent un des plus importants couvents de leur ordre. L’église connue à l’époque sous le vocable de saint Louis roi de France et de saint Antoine de Padoue est consacrée le 21 octobre 1648 par Mgr Étienne de Puget, évêque de Marseille. Autour de l’église se développent les cloîtres du couvent et les annexes. Pendant la Révolution le cloître des Récollets devient l’arsenal de la garde nationale après le retour de l’expédition qui avait été dirigée par les Marseillais, sous la conduite de Barbaroux et de Rebecquy, contre la ville d’Arles :
des canons et des munitions sont entreposés dans les salles basses du couvent.
Le dimanche 28 avril 1792 des gardes nationaux se servent de boulets pour jouer : le choc des projectiles sur les dalles produisit des étincelles qui entraînèrent une explosion qui fit trente-huit morts et de nombreux blessés. Le couvent à l’exclusion de l’église, est mis en vente et acheté le 9 juin 1792 par le citoyen Gastinel. Après le rétablissement définitif du culte en 1801, un sacrilège est commis dans cette église durant la nuit du 9 au 10 mars 1829 par des voleurs qui dérobent des vases sacrés et les hosties.
Des processions et des cérémonies expiatoires sont organisées ; l’émotion est d’autant plus vive que cinq jours plus tard le recteur de Saint-Théodore meurt d’apoplexie.
Extérieur
Façade de Saint-Théodore : La façade Renaissance est ornée de quatre pilastres surmontés d’un fronton triangulaire de chaque côté duquel se trouvent deux pots à feu. Au-dessus de la grande porte une statue de la Sainte Vierge est placée dans une niche. De chaque côté, mais un peu en dessous, se trouvent deux statues : à droite celle de saint Louis tenant la couronne d’épines et à gauche celle de saint Théodore. Ces trois statues datent de 1857 et sont des œuvres du sculpteur italien Rosario Bagnasco ; elles remplacent les statues d’origine sculptées par Garavasque et détruites en 1794.
La façade est surélevée par rapport à la rue des Dominicaines ; pour accéder à la porte d’entrée il est nécessaire d’emprunter deux escaliers.
Intérieur
L’église de plan traditionnel se compose d’une nef de cinq travées avec des bas-côtés mais sans transept. Une belle coupole éclaire le chœur ; elle occupe la troisième travée en partant du mur d’abside et a la forme d’une ellipse dont le grand axe est perpendiculaire à la direction de la nef. Avec ses huit fenêtres dont les berceaux pénétrants convergent vers le centre, avec son admirable décoration, la coupole de saint Thédore est un charmant bijou. Le maître autel est en marbres polychromes orné au centre de l’agneau pascal. Le tabernacle est surmonté de têtes d’anges, sa porte dorée est encadrée de deux anges en marbre. À l’entrée de l’église se trouvent deux bénitiers en forme de conque. Les peintures de l’ensemble de la voûte sont dues à Antoine Sublet et rappellent le vol sacrilège du ciboire en 1829. L’édifice renferme quelques belles pièces de son mobilier ancien. Derrière le maître autel un grand tableau de Jacques-Antoine Beaufort, un des fondateurs de l’Académie de peinture de Marseille, représente l’embarquement de saint Louis pour la croisade : le roi de grandeur nature habillé en guerrier et entouré de ses soldats reçoit un bouclier que lui présente un ange.
Enfin au-dessus de l’entrée on remarque un très beau buffet d’orgue datant de 1740 environ porté par une console sculptée d’instruments de musique d’une grande finesse d’exécution. L’église et sa sacristie sont classées au titre des monuments historiques par arrêté du 11 février 1991.
« Etoile Run Space », de l’art contemporain s’est invité dans l’église en 2016
Arnaud Deschin fondateur de La GAD Marseille, galerie principalement spécialisée en art émergent contemporain, a déménagé en avril 2016 son activité artistique dans ce lieu historique. Avec Marc-Antoine Serra et d’autres personnalités, il baptise une association loi 1901, « Etoile Run Space » et proposa deux expositions, une dans l’appartement du 10 au 31 mars 2016 et une dans l’église du 15 au 30 avril 2016 avec l’exposition inaugurale et l’exposition des portraits des acteurs de la biennale Marseille Longchamp n°1.
Depuis l’église s’ouvre à de rares occasions lors des journées du Patrimoine et à l’occasion de concerts comme avec le Festival Mars en Baroque et le Concerto pour le Prince le 3 juillet 2021.
