Pendant la Révolution, cette église est vendue à un particulier le 25 août 1791. Après diverses ventes, fermetures et réouvertures, la ville de Marseille décide le 30 mai 1821 de l’acheter et de la reconstruire car elle ne répondait plus aux exigences du quartier qui s’était développé. La pose de la première pierre de la nouvelle église a lieu le 14 avril 1823 et sa consécration est effectuée le 29 février 1824 par Mgr Fortuné de Mazenod.
En 1839, le compositeur Frédéric Chopin a joué de l’orgue présent dans cette église alors qu’il était de passage à Marseille, en provenance de Majorque avant de rejoindre Nohant. C’était pour les obsèques d’un ami, le célèbre chanteur Nourrit, décédé prématurément.
À la fin des obsèques, Chopin vint voir Monsieur le curé et lui dit « cet orgue ne vaut rien, vendez-le. » Ce qui rejoignait l’avis de ce dernier. L’orgue sera revendu à la commune d’Eyguières.
Mais là non plus, l’instrument ne fut guère apprécié, et sa tuyauterie sera revendue un peu plus tard. Ce n’est qu’en 2007 que l’instrument est entièrement restauré par le facteur d’orgues Pascal Quoirin. Pour remplacer l’instrument disparu, on fit appel au facteur d’orgues Ducroquet, successeurs de Daublaine et Callinet, pour la fourniture d’un orgues de 24 jeux sur 2 claviers et pédalier. L’instrument fut modifié et agrandi plusieurs fois, notamment par la maison Michel – Merklin & Kuhn, en 1938. L’instrument possédait alors 35 jeux sur 2 claviers et pédalier.
Cet orgue devint très vite inutilisable de fait de la déficience de sa transmission (pneumatique). L’orgue a été protégé en tant que Monument Historique par une mesure de classement, et ce sont ses parties Ducroquet qui ont permis d’obtenir cette protection (Buffet, sommiers de grand-orgue, charpente, soufflerie, et une grande partie de la tuyauterie). En 2007, l’instrument fut entièrement démonté pour être restauré. Le travail a été confié à Jacques Nonnet (Orgues Giroud Successeurs) à Bernin (Isère).
L’église Notre-Dame du Mont est de style néoclassique. Sur la façade principale au-dessus de l’entrée se trouve un haut relief en céramique polychrome, exécuté à Toulouse et posé en 1898, représentant la visitation. La frise est en lave du Vésuve. À l’intérieur une inscription en latin placée au-dessus de la grande porte rappelle l’histoire de l’édifice. L’église présente surtout un intérêt pour les différents tableaux en provenance du couvent des Minimes détruit à la Révolution :
- Vierge à l’enfant Jésus avec Saint-François de Paul et Saint-François de Sales par Serre.
- Mariage de la Vierge, adoration des bergers, fuite en Égypte, atelier de Nazareth par Chasse (1659-1720).
- Saint Loup venant demander la paix à Attila par Auguste Hyacinthe Debay.
- La chaire représente la visite de la Vierge à Sainte Élisabeth, par Viau.
L’église a donné son nom au quartier Notre-Dame du Mont, à la station Notre-Dame du Mont – Cours Julien du métro de Marseille, au Canton de Marseille-Notre-Dame-du-Mont. Des concerts y sont régulièrement présentés. L’exceptionnelle acoustique permet d’accueillir des formations musicales (musique de chambre, orchestres symphoniques, chœurs a cappella…). Pour faire entendre l’orgue de Notre-Dame du Mont, l’association des Amis de l’Orgue de ND du Mont a mis en place « Les Auditions du Marché ». Un grand écran permet de visualiser le jeu de l’instrumentiste.
