L’ordre religieux des Trinitaires chargé du rachat des captifs chrétiens prisonniers des musulmans fut créé à la fin du xiie siècle par Jean de Matha et Félix de Valois. Le pape Innocent III leur donne solennellement le 2 février 1190 un habit blanc sur lequel est cousue une croix rouge et bleue. Ces Trinitaires s’installent à Marseille en 1202 au nord de la ville près de la porte Galle et seront appelés par la suite les Grands Trinitaires afin de les distinguer des Trinitaires déchaussés, ordre réformé issu du premier. En 1611 eut lieu un célèbre procès de sorcellerie. Louis Gaufridy, prêtre des Accoules à Marseille, est accusé par une de ses pénitentes, Madeleine Demandolx de La Palud, de l’avoir séduite en utilisant la sorcellerie et la magie. Gaufridy est reconnu coupable et brulé vif le 30 avril 1611 à Aix-en-Provence.
En 1645 Madeleine se retire dans sa bastide de Marseille située actuellement au parc Font obscure dans le 14e arrondissement et en fait donation aux Trinitaires déchaussés d’Aix-en-Provence qui s’y installent.
Les Trinitaires déchaussés voulant se rapprocher de la ville achètent des terrains dans l’agrandissement de la ville de Marseille rendu possible par la destruction des remparts du Moyen Âge et la construction d’une nouvelle enceinte par Nicolas Arnoul. Sur ces terrains situés entre les rues actuelles de Moustiers, d’Aubagne, d’Estelle et de La Palud, les Trinitaires déchaussées construisent à partir de 1688 un couvent et une église.
Cette église prend le nom de « La Trinité » et la rue Fongate est débaptisée et prend le nom de « La Palud » en souvenir de leur premier établissement marseillais chez Madeleine Demandolx de La Palud. Le nom de Fongate est donnée à une autre rue située à proximité.
Construction de l’église
À la Révolution les bâtiments du couvent et l’église sont vendus en 1792 et démolis en 1794. À l’emplacement de l’ancien couvent sont construits de vastes immeubles affectés au stockage de marchandises ; ces entrepôts, appelés « domaine Ventre » sont par la suite transformés en maisons d’habitation. Cependant Champion de Cicé, archevêque d’Aix-en-Provence, faisant fonction d’évêque de Marseille, achète le 31 décembre 1806 à un négociant Mr Wollank le terrain nécessaire à la construction d’une église sur l’emplacement d’une partie du couvent. L’argent récolté n’étant pas suffisant pour terminer le chantier, le conseil municipal de Marseille décide, par délibération du 25 juillet 1809 de prendre en charge l’acquisition du terrain.
Un décret impérial du 5 septembre 1810 autorise la ville à accepter la cession de l’église de La Trinité qui lui était proposée par l’archevêque et la prise en charge du reliquat des sommes dues.
La construction d’un nouveau chœur et des deux nefs latérales nécessitent l’achat de nouveaux terrains : l’ensemble des dépenses, construction comprise, s’élève à 89 000 francs dont 65 000 francs sont pris en charge par la commune par délibération du 9 juin 1824.
L’église est bénie le 26 mars 1825 par Mgr Fortuné de Mazenod et consacrée le 24 novembre 1829. Dans le prolongement des bas-côtés sont construites en 1845 les chapelles de saint Sérénus à gauche et de la Vierge à droite. En 1891 le campanile est rehaussé de 9 mètres et quatre cloches y sont placées. Du mardi au samedi de 7h à 12h et de 15h à 19h30. Messe le dimanche à 10h.
