Il existait avant 1789 deux lieux de culte dans le quartier : l’église du couvent des Picpus, à l’emplacement de l’annexe du Palais de justice, victime du vandalisme révolutionnaire, et l’abbaye Saint-Victor. Au rétablissement du culte en 1801, toute la rive sud du Vieux Port dépendait donc de la paroisse Saint-Victor, dont le territoire était trop étendu, l’église trop petite et d’autant plus malcommode qu’elle se trouvait à l’extrémité de la ville d’alors. Il devint donc nécessaire de construire une nouvelle église. La difficulté de trouver un terrain dans ce quartier alors résidentiel a imposé d’abord d’aménager une modeste chapelle dans deux magasins situés à l’angle des rues Breteuil et Grignan. Cette chapelle était dédiée à Saint Jérôme, prénom de l’évêque d’alors, Mgr Jérôme Champion de Cicé (1802-1810). L’église actuelle a été construite de 1826 à 1834 par Mouren et Guieu, entrepreneurs, le premier étant considéré également comme l’architecte, et consacrée le 3 novembre 1828, fête de Saint Charles, par Mgr Charles Fortuné de Mazenod, sous le patronage de Saint Charles Borromée, cardinal-archevêque de Milan (1538-1584).
Elle est désignée sous le nom de Saint-Charles intra muros, l’église Saint-Charles extra muros étant celle de la Belle de Mai. Les fonds nécessaires à la construction ont été fournis par des souscriptions des fidèles, des subventions municipales et un emprunt. Des réparations seront nécessaires dès 1843, des lézardes étant apparues dans les voûtes à cause de l’instabilité du sol. En 1850, les piliers soutenant la coupole seront recouverts de marbre. Ce revêtement sera complété en 1868. Il est l’œuvre du marbrier Cantini. Les travaux ont été effectués sous la surveillance de Condamin et Verdier, ingénieurs-architectes. La paroisse Saint-Charles était le siège de la dévotion à Notre Dame des Malades, établie en 1858 par l’abbé Guiol, curé, qui implanta cette année l’archiconfrérie Notre Dame des Malades, fondée peu auparavant à Paris. Chaque samedi, une messe était célébrée à l’autel de la Vierge et des prières étaient dites à l’intention des malades recommandés.
Cette dévotion a disparu au milieu du XXème siècle. C’est à Saint-Charles que le jeune Marcel Pagnol reçut le baptême en avril 1898. C’est également sur le territoire de la paroisse que mourut le Bienheureux Frédéric Ozanam en 1853. Une plaque commémorative placée près des fonts baptismaux rappelle cet évènement. Il semble que le plan centré de l’église soit inspiré de celui de l’église des Picpus évoquée précédemment, consacrée en 1749, détruite à la Révolution mais dont les ruines subsistaient au début du XIXème siècle. Curieuse réminiscence du classicisme français à une époque où il était révolu, l’église adopte un plan parfaitement équilibré en forme de croix grecque avec une coupole centrale, les revêtements muraux et le pavement rappelant la Renaissance italienne. Le décor de marbre de l’intérieur de la nef a été réalisé de 1850 à 1868 par le marseillais Jules Cantini ainsi que le monumental maître-autel de style baroque de 1891, inspiré de celui de l’église Saint-Cannat-les-Prêcheurs. Le pavement de l’église s’ordonnance à partir d’un médaillon central représentant les armoiries de Saint-Charles-Borromée.
Les toiles
Les cinq toiles du chœur, classées monuments historiques au titre objet, sont des œuvres des peintres marseillais :
Jean-Joseph Dassy, au centre : l’Adoration des Mages 1837 / Augustin Aubert : Le Christ en Croix, la Résurrection, l’Ascension, la Transfiguration 1840.
Les statues
Celles surmontant tous les autels latéraux sont en carton-pierre estampé et doré et attribuées à l’atelier d’Honoré Coder (1784 – 1845); alors que celle en marbre représentant Saint-Yves et celle en pierre figurant Saint-Antoine-de-Padoue ont été sculptées par Louis Castex (Saumur 1868 – Paris 1954).
La chaire à prêcher
Réalisée d’après un modèle de l’architecte d’origine toulonnaise Gaudensi Allar, collaborateur de l’architecte marseillais Henri-Jacques Espérandieu, et d’esprit romano-byzantin, elle est en bois avec une cuve à cinq pans décorés de panneaux émaillés représentant le Christ au centre encadré des symboles des quatre évangélistes entourés de colombes et de guirlandes de fleurs et de fruits.
Elle est classée au titre objet par les Monuments Historiques.
Orgue de tribune
L’orgue de tribune a été construit en 1859 par Aristide Cavaillé-Coll dans un buffet neuf de style Louis XV, les commanditaires (l’organiste surtout) ayant refusé le remploi d’un buffet du xviie siècle provenant de l’orgue de Jean de Joyeuse pour la cathédrale Saint-Michel de Carcassonne et aujourd’hui abritant l’instrument d’Aristide Cavaillé-Coll de Poligny. Il a été harmonisé par Vincent Cavaillé-Coll, frère d’Aristide, et comprenait à l’origine 24 jeux sur 2 claviers et pédalier avec machine Barker. Le concert d’inauguration fut assuré par Louis James Alfred Lefébure-Wély le 18 avril 1859. Il a été restauré successivement par l’organier marseillais François Mader en 1883, le parisien Charles Mutin en 1900 et l’entreprise lyonnaise Michel-Merklin&Kuhn en 1933 qui modifie légèrement la palette sonore, remplace la console et porte les claviers de 54 à 56 notes et le pédalier de 27 à 30. En 1971 René Renevier restaure la machine Barker. En 2005 Sals et Henry restaurent la soufflerie et en 2010 François Delange substitue à l’ancien moteur deux ventilateurs neufs.
Classé monument historique au titre objet pour sa partie instrumentale le 26 octobre 1982, cet orgue est un exemple majeur en Provence de l’art de la famille Cavaillé-Coll; le principe de sa restauration complète a été accepté par les autorités compétentes en décembre 2002, mais elle ne pourra être mise en œuvre qu’après celle de l’intérieur de l’église (non réalisée en février 2013).
