Façade côté rue Tapis Vert
Fermée pendant la Révolution, devenue bien national, elle fut mise en vente en 1795. L’église fut ensuite louée aux Clarisses de 1806 à 1833, appelé également L’ordre des Pauvres Dames, créé en 1212 par Claire d’Assise, à la demande de François d’Assise. L’Église de la Mission de France fut ensuite confiée aux Jésuites par Mgr Eugène de Mazenod en 1839. Cet ecclésiastique catholique fut évêque de Marseille (1837-1861). Il est le fondateur de la congrégation cléricale missionnaire des Oblats de Marie-Immaculée (à l’origine Société missionnaire de Provence). Il a été canonisé en 1995 par Jean-Paul II. Les Jésuites entreprennent la restauration de l’Eglise à partir de 1844. Il s’agit en fait d’une véritable reconstruction qui modifiera complètement l’aspect du bâtiment. En 1860 Désiré Michel, cimentier, réalise la façade très originale que nous pouvons encore voir aujourd’hui. Un orgue Merklin fut installé en 1928 dans le cinéma Le Rialto aujourd’hui disparu. Le buffet de cet orgue va alors servir pour réparer un orgue de 1865 signé Théodore Puget installé dans l’Eglise de la Mission de France.
L’église sera fermée au culte en 1901. En 1905, elle devient un entrepôt de la ville de Marseille. L’orgue de l’église, alors abandonné a subit d’importantes dégradations. En 1933, sous l’impulsion de Marcel Prevot, titulaire des orgues de l’église des Réformés, le buffet est transféré dans la chapelle du grand séminaire de Marseille, et la maison Merklin & Kluhn de Lyon reconstruit l’instrument en remontant derrière, le buffet de l’orgue du cinéma « le Rialto ».
Façade côté rue Thubaneau
Les transformations nécessaires pour obtenir un instrument liturgique sont alors effectuées. En 1989, la paroisse reçoit la tuyauterie d’un orgue de la ville de Tours, et lorsque la ville de Marseille décide en 1990 de rendre l’orgue dans son buffet d’origine à l’église, un instrument de 17 jeux est remonté sur la tribune. Il joue pour la première fois pour la messe de minuit de Noël 1991. Madame Odile Pierre inaugure l’orgue le dimanche précédant le jeudi de l’Ascension. Monsigneur Tissier de Mallerais, évêque de la Fraternité St Pie X, bénit solennellement l’instrument. À cette occasion est organisé par la paroisse le premier festival de musique sacrée de Marseille : « Médiévances ». Depuis le dimanche avant l’Ascension et ce jusqu’au dimanche suivant, des concerts sont organisés autour de l’orgue invitant des musiciens et des formations françaises et internationales jouant un répertoire allant de Claudio Monteverdi à Naji Hakim. L’expérience est renouvelée l’année suivante et prend fin avec le départ du prieur.
En 2006, il est décidé de remplacer le Grand Orgue de l’église, et grâce à un don, la paroisse Saint-Pie X acquiert d’occasion un orgue d’esthétique baroque en Allemagne qui sera adapté dans le buffet originel par Yves Cabourdin, facteur d’orgue à Carces dans le Var. La transmission mécanique des notes est entièrement refaite et l’orgue réharmonisé. Quelques transformations s’étalent sur plusieurs années : deux jeux de trompette en chamade sont ajoutés, un cromorne et une voix humaine remplacent la gambe tandis que le hautbois est décalé en chalumeau au pédalier. La quinte du récit est remplacée par un nasard et la mixture progressive de IV-VI rangs recomposée en VI rangs fixes. Cette nouvelle composition permet d’aborder les répertoires allemands et français des XVIIe et XVIIIe siècles. Thierry Boccamaïello est le titulaire de l’instrument depuis 1991.
L’Eglise deviendra une salle de concert puis après diverses tribulations, une école de maçonnerie et un entrepôt de mobilier scolaire jusqu’en 1979, elle sera enfin rendue au culte par affectation de la Ville de Marseille à la Fraternité Sacerdotale St Pie X, le 18 octobre 1982.
